Akademi Pesantren Nusantara mengembangkan kajian dan kegiatan keilmuan dengan menempatkan dimensi intelektual, spiritual, dan sosial dalam satu ruang yang saling berhubungan. Tradisi keilmuan pesantren menjadi salah satu pijakan penting untuk membaca perkembangan pengetahuan, kehidupan keagamaan, dan persoalan sosial kontemporer.nnKerja akademik dikembangkan melalui penelitian, publikasi, penerbitan, diskusi keilmuan, dan jejaring peneliti. Dalam kerangka ini, pengetahuan dihubungkan dengan pembentukan kesadaran spiritual dan tanggung jawab sosial.